Trois sous-variants d'Omicron étaient connus. En voilà deux nouveaux. Après BA.1, BA.2, "majoritaire en France", où il représente plus de 99% des infections, d'après Santé publique France (SpF), et BA.3, "deux nouveaux sous-lignages, BA.4 et BA.5, ont été définis et font l'objet d'une surveillance renforcée sur la base de leur profil génétique." "À ce stade, aucun élément épidémiologique ou clinique préoccupant ne leur est associé. Au 26 avril, un cas de BA.4 et deux cas de BA.5 ont été identifiés en France", révèle l'Agence nationale de santé publique, sans préciser où, dans son point épidémiologique du 28 avril.
Comme pour le variant Omicron, repéré pour la première fois en Afrique du Sud, les sous-lignages BA.4 et BA.5 auraient émergé sur le sol sud-africain mi-décembre 2021 et début janvier 2022, selon le Centre pour l'innovation et la réponse aux épidémies (CERI), dirigé par le virologue, Tulio de Oliveira, célèbre pour avoir répertorié les variants Bêta et Omicron.
"La 5e vague est arrivée. Prenez soin de vous", a alerté, le 26 avril, le laboratoire de l'université Stellenbosch, sur la base du nombre de nouvelles contaminations au Covid, passées en peu de temps de quelques centaines à plus de 6000 par jour. "Ce sont des seuils indiquant une augmentation continue", a confirmé Ridhwaan Suliman, chercheur au Conseil pour la recherche scientifique et industrielle (CSIR), un institut de recherche gouvernemental, confirmant cette "entrée dans la 5e vague".
Cette nouvelle vague en Afrique du Sud coïncide, hasard ou non, avec la prévalence de BA.4, et dans une moindre mesure de BA.5, dans les échantillons analysés. "Il est trop tôt pour dire si BA.4 va provoquer une vague à part entière", nuance l'épidémiologiste, Salim Abdool Karim, expert en santé publique, qui a conseillé le gouvernement sur sa réponse au Covid.
Minoritaires en février, BA.4 et BA.5, responsables de 14% des nouvelles infections en mars, ont pourtant remplacé progressivement BA.2, majoritaire jusque-là. En avril, ils représentaient 44% des nouveaux cas. Leur part d'incidence a explosé dans les deux provinces les plus densément peuplées, le Gauteng, au nord où se situent la capitale Pretoria et Johannesburg, et le KwaZulu-Natal, sur la côte au nord-est, pour atteindre environ 60 à 75% des contaminations mi-avril.
Ces deux versions mutantes d'Omicron ont déjà outrepassé les frontières sud-africaines. BA.4 a été identifié au Botswana, en Europe (Belgique, Danemark, France, Suisse et Royaume-Uni) et aux États-Unis, où BA.2 reste la souche dominante et son descendant, appelé BA.2.12.1, gagne du terrain. BA.5, quant à lui, a été localisé dans plusieurs pays européens (Autriche, France, Allemagne, Portugal et Royaume-Uni), ainsi qu'aux États-Unis et à Hong Kong, au sud-est de la Chine. Il n'est toutefois pas clair si BA.4 "va devenir une variante dominante à l'échelle mondiale", reconnaît Salim Abdool Karim.
Classés comme "variants d'intérêt" par l'OMS et "variants à suivre" par le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), BA.4 et BA.5 "sont assez similaires" à BA.2. "Leur protéine Spike possède en plus les mutations L452R,
F486V et R493Q", met en relief Santé publique France. L'une d'elles, L452R, portée par les deux sous-lignages, inquiète. Cette mutation, "identifiée chez 0,2% des séquences d'Omicron disponibles sur la base de données GISAID [une structure qui récolte notamment des données internationales sur le Covid : NDLR] au 19 avril", est décr...
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