C’est l’histoire d’une femme sud-africaine d’une trentaine d’années, atteinte du sida. Elle est admise en septembre 2020 dans un hôpital de Durban pour des symptômes qui ont débuté douze jours auparavant. Cette patiente présente une gêne respiratoire, un mal de gorge, de la toux. Le test RT-PCR pour le SARS-CoV-2 effectué sur le prélèvement nasopharyngé est positif. La patiente est hospitalisée en unité Covid où elle reçoit de l’oxygène via un masque facial ainsi qu’un traitement par corticoïdes (six jours de dexaméthasone). La sortie de l’hôpital a lieu neuf jours plus tard.
Cette patiente est traitée depuis 2006 par antirétroviraux. Ce traitement consiste en une association à doses fixes de trois médicaments : le ténofovir, l’emtricitabine, l’éfavirenz.
Au moment de son admission à l’hôpital, cette patiente est enrôlée dans une étude ayant pour objet d’étudier les effets de l’infection à VIH sur la réponse immunitaire dans la Covid-19.
Examinée trois semaines puis un mois après son admission, la patiente ne présente plus de symptômes de la Covid-19. Elle restera asymptomatique à 190, 204, 216 et 233 jours après son admission à l’hôpital, et ce malgré une charge virale SARS-CoV-2 élevéevdans les prélèvements nasopharyngés jusqu’à J190 (Ct compris entre 16 et 27). Par ailleurs, le VIH est toujours présent dans le sang. La virémie a en effet persisté durant cette même période du fait d’une mauvaise observance du traitement antirétroviral par la patiente.
Les médecins décident alors de modifier son traitement antirétroviral qui consiste en une association fixe de ténofovir, lamivudine et dolutégravir. Cette trithérapie parvient à J204 à réduire la charge virale plasmatique (quantité d’ARN du VIH) à des niveaux indétectables (inférieurs à 50 copies/mL). Le dernier résultat positif à la PCR remonte à début mai 2021.
À son admission, la patiente, qui en est à un stade avancé de l’infection à VIH, est porteuse d’une souche ancestrale de SARS-CoV-2, les variants Beta et Delta n’ayant pas encore émergé. On rappelle qu’en Afrique du Sud la première vague a été dominée par le variant Beta et s’est étalée de mai à septembre 2021, tandis que la seconde était due au Delta et a duré de novembre 2020 à janvier 2021. La patiente dont il est question a été infectée par un virus ancestral appartenant au lignage B.1.1.273, sous-lignée d’un des principaux lignages ayant circulé lors de la première vague de l’épidémie dans la province du KwaZulu-Natal entre juin et août 2020.
Les médecins vont régulièrement effectuer des prélèvements nasopharyngés et recueillir des échantillons de sang à J6, J20, J34, J71, J106, J190, J204, J216, J233 après admission, soit durant une période de plus sept mois. Les chercheurs vont analyser l’évolution du génome du SARS-CoV-2. Ils vont parallèlement évaluer la capacité de son propre sérum et de celui de sujets convalescents antérieurement infectés par la souche ancestrale et les variants Beta et Delta à neutraliser au fil du temps le SARS-CoV-2 qui l’infecte.
Cette étude, dirigée par Tulio de Oliveira et Alex Sigal de l’Africa Health Research Institute et de l’université de KwaZulu-Natal de Durban, a été publiée en ligne le 14 janvier 2022 sur le site de la revue Cell Host & Microbe.
Évolution accélérée de la souche ancestrale chez une personne VIH+
Cette étude révèle que le virus, initialement similaire à la souche ancest...
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